Créé en 1943 à Témara (Maroc), à partir des compagnies du génie de Syrie et du Cameroun, le 13e bataillon du génie est affecté à la 2e division blindée du général Leclerc.

Il est engagé dans les combats de la libération de la patrie, en Normandie, à Paris et dans les Vosges, ce qui lui vaut six citations, donc deux citations à l’ordre de l’armée pour le régiment.
Dissous en 1946, puis reconstitué en 1951 à Trèves (Allemagne), il prend part à la campagne d’Indochine et aux opérations de Suez et de Port-Said.
Il devient, en 1960, le 13e régiment du génie.

En 1968, le 13e régiment du génie était en garnison à Trèves (Allemagne) au quartier Finat-Duclos (Eurenerstrasse), la compagnie d'instruction (11e) et la compagnie d'équipement pontage (16e) étaient hébergées au quartier Bertard (Luxemburgerstrasse). Il disposait d'une installation, appelée École des Ponts (EDP) en bord de la Moselle, à hauteur de la caserne Bertard. Alors qu'il était à Trèves. Il comprenait :

- Cinq compagnies de combat : 1, 2, 3, 4 et 5e au quartier Finat-Duclos ;
- une compagnie d'équipement et pontage : 16e au quartier Bertard ;
- une compagnie d'administration : 21e au quartier Finat-Duclos ;
- une compagnie d'instruction : 11e au quartier Bertard.

Il en fut ainsi jusqu'en 1999 au quartier Castelnau situé dans le sud de Trèves (Feyen). Il faisait partie de la 1re division blindée des forces françaises en Allemagne.

La cérémonie d'adieu à Trèves du 13e régiment de génie eu lieu le 10 mai 1999 dans les jardins du Palais des Princes Électeurs. Sous les ordres du colonel Defretin, le 13e régiment de génie rejoint par le 61e régiment d'artillerie ont rendu les honneurs à la ville et ont été décorés symboliquement par la municipalité.

Relocalisé à Épernay (Marne) à compter de juillet 1999, il remplace le 34e régiment du génie au quartier Marguerite, composé de trois compagnies de combat (1re, 2e compagnies de combat blindé et 3e compagnies de combat mécanisé), d'une compagnie d'instruction (la 11e compagnie de base et d'instruction), d'une de commandement (la 21e compagnie de commandement et de logistique), d'une compagnie d'appui (la 22e) et d'une unité d'intervention de réserve professionnelle. Le régiment est équipé d'engins blindés du génie (EBG), de moyens de forage rapide de destruction (MFRD) et de moyens polyvalents du génie (MPG).

Il est délocalisé à Valdahon (Doubs) à compter du 1er juillet 2003 au quartier Gallieni. Il se compose de la 1re, de la 2e, de la 3e et de la 4e compagnie de combat, de la 6e compagnie de conte-minage, de la 21e compagnie de commandement et de logistique, de la 22e compagnie d'appui et de la 5e unité d'intervention de réserve.

Des éléments ont participé aux forces françaises en Afghanistan où ils ont déployé entre autres, l'Aravis et le Buffalo.

Le régiment est également présent sur tous les théâtres d'opérations extérieures, soit plus de 10 territoires concernés en 2016.